Сегашният манастир се намира в близост до село Пастра - недалечот мястото на първоначалното му основаване. Покрай него тече Рилска река. Това е най-големият манастир в България — 5 етажа, като видими са 4 от тях. Тази особеност на сградата се обяснява с ограниченията, наложени от османската власт през 1834 г., когато са строени сегашните сгради. В партерния етаж се разполага музеят. В магерницата се е приготвяла храната за монасите.

Манастирът „Свети Иван Рилски“ е построен на мястото на стара постница през 927-941 г. от Иван Рилски(според някои автори от неговите ученици) в Рила планина. В двора на днешния манастир през 1335 г. е издигната отбранителна кула и малка еднокорабна черква от местния феодален владетел протосеваст Хрельо. Кулата е най-старата запазена сграда в манастирския комплекс и по стил принадлежи към архитектурата на Търновската художествена школа. На върха на кулата има параклис "Св. Преображение" с ценни фрески от 30-те години на 14 век.

Цар Иван Шишман (1371-1393 г.) издава на 21 септември 1378 г. Рилската грамота, подписана и подпечатана със златен печат, с която дава на манастира като феодални владения 20 села, заедно със землищата им.

Още с основаването си манастирът става книжовно и просветно средище. Голяма педагогическа дейност в него развива Неофит Рилски, който през възраждането основава тук килийно училище. Манастирът дава подслон на Васил Левски, Ильо войвода, Гоце Делчев, Пейо Яворов и др.

През 1778 г. манастирът "Св. Иван Рилски" става жертва на стихиен пожар. Възобновен е през 1784 г. от Алекси Рилец, който през 1816-1819 г. проектира и строи източното, северното и западното крило. Значителна част от манастира е опожарена отново през 1833 г., като възстановяването му отново е извършено от Алекси под ръководството на тогавашния игумен Йосиф Строителя. В 1840 година е изработен нов иконостас на църквата от Петър Филипов, Алекси Станишев и Димитър Станишев.

Днес ансамбълът на манастира обхваща територия от 8800 кв. м, от които 5500 кв. м застроена площ. Манастирските крила, изградени по различно време на 4 и 5 етажа, заобикалят от всички страни единствения двор във форма на неправилен петоъгълник.